Николаевский Морской собор построен в 1903–1913 годах по проекту В. А. Косякова. Закладка храма происходила в присутствии императорской семьи и была освящена святым праведным Иоанном Кронштадтским.

В мае 1980 г. на хорах и галереях собора открылся музей «Кронштадтская крепость» – филиал Центрального военно-морского музея. В семи залах общей площадью 900 кв. м. были выставлены военно-морские орудия, картины, скульптуры, фотографии, личные вещи известных российских моряков и т.д. Президентским указом от 20 февраля 1995 г. Николаевский Морской собор получил статус памятника архитектуры федерального значения.

1 июня 2009 года, связи с началом реставрационных работ в Кронштадтском Морском соборе, филиал ЦВММ «Кронштадтская крепость» прекратил прием посетителей. С 7 июля 2013 года Кронштадтский Морской собор вновь открыт для посещения.